林耕仁选举期间遭检举人爆料，不但阳明交大硕论60%抄袭政府报告，中华大学硕论也涉嫌抄袭另名研究生论文，不过中华大学先前已公布审议结果，认定该论文撰写过程抄袭行为不成立，但有学术瑕疵；而阳明交大学伦单位审查后，认定成立抄袭与未适当引注，今天（28日）确定被撤销学位。
阳明交大学伦单位经审查后，认定林耕仁的硕士论文涉及抄袭和未适当引注，经委员会审议后，确定撤销其硕士论文学位，除已告知当事人与检举人，也向林耕仁说明可提出救济申请。
阳明交大回应，林耕仁学术伦理案的学生学术伦理审议委员会审议程序终了，已依规定通知被检举人、检举人及相关单位，并向林耕仁说明救济程序事项。在救济程序尚未终了前，不便说明与回应。
林耕仁今天傍晚也在脸书发文向社会大众致歉。林耕仁说，选举期间他的论文被质疑时，他立刻自送阳明交通大学学伦会调查，并出席审查会亲自说明。学伦会委员对于论文内容以及写作方法该如何正确引注，也提出许多问题及指导，让他学习甚多，也深刻明白过去求学期间，对于恪守学术伦理与规范并不完全了解，也于此事后对于学海无涯的道理有深刻体认，自己仍有许多改进与检讨的空间。
林耕仁表示，当初进入阳明交通大学就读管理学程硕士班，是基于对新竹这座城市的热爱，希望以身为市议员的角度出发，针对交通、治安、观光等市政观察、市民陈情、协助处理的各类选民服务情境等节作为基础，透过文献搜集与探讨方式，以管理专业所延伸的学理加以论证剖析，初衷是希望针对市民关切的议题找出可精进的市政方向。
然而，撰写论文期间，由于学术规范上认知的不足，在引述资料过程中，未完整标记出处来源，学伦会因而认定有瑕疵、漏引等学术缺失。作为论文的作者即便个人没有抄袭的主观动机，也必须要为客观上的学术缺漏负起完全的责任。
不管是中华大学论文，又或者阳明交通大学论文，他始终的立场都是尊重也接受校方学伦会的所有决定，也必须要为自身在论文的内容负起全部的责任。
林耕仁也说，感谢学伦会委员的指正与建议，学习之路本就无止尽。本人对于当初撰写硕士论文的认知本是有引述来源就好，但学术领域无法便宜行事，他的认知跟该有的标准还是有落差，其实应用最严谨的标准要求自我。
经此结果，也深知自己在学术领域并非专业，校方用高标准检视论文及审查，他完全尊重且全然接受。在此也要特别感谢过去给本人指导的师长、教授，让我有进修学习的机会，此次论文撤销结果，所有的责任都在自己身上，老师都是兢兢业业的教学，是他个人的疏失和疏漏与指导师长均无关。
林耕仁最后再次向校方、师长、同学、校友以及社会大众道歉。「我认为既然错了就要承认及道歉，不逃避、不狡辩，我坦然接受校方的判定」，林耕仁强调，经此教训，未来也会恳切继续在学习的道路上努力，充实自我、提升能力，不管在何处都还是要有为新竹市服务的初衷。
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