民进党立院党团立委林静仪、林楚茵及新竹市议员刘康彦今天（5日）召开记者会（5）日爆料，指出林耕仁在2011年取得阳明交通大学经营管理硕士，硕论《新竹市现况分析及未来发展建议－以治安、交通观光为例》，整本54页扣掉4页参考文献后，50页主文有31页抄袭、剽窃新竹市政府及中央部会的研究报告，复制贴上比例达60%，规模之大、手法之粗糙，令人瞠目结舌。
林耕仁对此也反击，继国民党基隆市长候选人谢国梁、桃园市长候选人张善政被泼脏水后，现在又对他交通大学管理硕士论文发动攻击，很明显又是民进党的惯用套路，透过泼脏水来转移焦点、进行人格毁灭，并转移民进党台北市长候选人陈时中偷窥广告的焦点，及拯救民进党新竹市长候选人沈慧虹低迷的选情。
林耕仁说明，当时他因归纳办公室2008至2010年的陈情案件，发现交通方面最多、治安方面问题次之，为进一步了解新竹市民关心的议题情况，在进入交通大学之后，即以「新竹市现况分析及未来发展建议─以治安、交通及观光为例」作为论文题目，进行文献研究。
林耕仁说，他的论文是针对新竹市的治安、交通及观光的现况分析，提供未来发展的建议，因此在文献探讨的部分针对政府资料进行分析，这都是他研究流程，引用的资料都是政府的公开资讯，而且都有注明出处，并非抄袭，至于论文有6处疏漏引注，是他的失误，感谢民进党的提醒，「我也会虚心检讨」。
林耕仁强调，他的论文也许写得不好，但面对民进党泼脏水、毁人格的不实指控，「我不会屈服」，今天下午他也主动备妥相关文件资料，前往阳明交通大学学术伦理与研究诚信办公室递交，未来也一定会全程出席说明，全力捍卫自己的清白。
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