琼瑶读高中时，恋上比她大25岁的国文老师，该老师曾结婚，妻子离世，后来琼瑶大学联考落榜，师生恋曝光，琼瑶母亲以「引诱未成年少女」、「诱拐学生」的名义向警察局与教育部告发，该老师最终被学校解聘，离开台北。
琼瑶的第一任丈夫是马森庆，两人在1959年结婚，育有儿子陈中维，因《窗外》的出版，两人矛盾加深，1964年春天离婚。琼瑶的第二任丈夫是皇冠文化负责人平鑫涛，当年他陆续帮琼瑶出版《窗外》、《六个梦》、《烟雨蒙蒙》，频繁接触下互生情愫，只是当时平鑫涛是有妇之夫，他在与琼瑶相恋之前，已与林婉珍结婚多年，两人育有3名子女，后来平鑫涛与林婉珍离婚，在1979年5月娶了琼瑶，两人相守至2019年5月平鑫涛去世。
琼瑶的介入被林婉珍视为婚姻破裂的主因，林婉珍在2018年出版的回忆录《往事浮光》中，详述了平鑫涛如何移情别恋琼瑶，以及她在婚姻破裂中的痛苦和挣扎。她批评琼瑶介入家庭，并指责平鑫涛漠视她与孩子的感受。
针对林婉珍书里的指控，琼瑶承认她和平鑫涛的爱情始于平鑫涛婚内，但强调这是「灵魂之爱」。琼瑶表示自己曾试图避免伤害林婉珍，但最终她与平鑫涛无法抗拒彼此的吸引力。这段三角关系在当时社会引起广泛争议，也影响了琼瑶的形象。
平鑫涛晚年失智中风，2017年病情恶化时引发了一场「是否应该插管延命」的家庭纷争。琼瑶主张平鑫涛应该有尊严地离世，反对插管延续生命，而平鑫涛的子女，主要是长子平云，则认为插管有其必要，因父亲并非病危，而是需要接受医疗以延续生命。
琼瑶在脸书公开描述这场家庭纷争，并提及自己因这场争执感到身心疲惫。她甚至表示，放弃了对平鑫涛的照护权，退出家庭决策，专注于自己晚年的生活。平鑫涛的子女则指责琼瑶公开家务事，损害了父亲的隐私和家族的声誉。
最终，这场争议以平鑫涛的自然离世画下句点，但也让琼瑶与平家的关系彻底破裂，琼瑶随后宣布与皇冠出版社分家，将自己作品的版权独立运营。
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