数位部设计有严密的资料保护机制，包括资料传输全程加密、使用资料须获得授权、资料存放以加密方式储存等，且在普发现金专案执行结束后一个月（预计在2024年2月底前），本次搜集到的相关个人资料会立即删除，绝不保存。
财政部表示，过去类似政府专案，请民众输入身分证字号及健保卡号，跟办电信门号要带双证件的道理一样，系统会检核健保卡号与身分证字号的匹配性，若两组证件号码非属同一人，将拒绝登载资料，保护民众申领6千元的权益，防止有心人士伪冒他人证号而盗领款项。
此外，这并非第一次搭配健保卡号协助辨识身分，像是1922疫苗预约平台，疫苗施打登记以身分证字号加上健保卡号做为预约登入；使用手机申报综所税，以行动电话认证登入要使用身分证字号加上健保卡号搭配手机号码做为身分确认登入；孩童防疫家庭补贴也是与这次普发现金专案一样，要输入身分证字号与健保卡号。
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