中运也澄清，工会所提256亿元是收入，不是获利，1.4亿元也过多，船员平均年资不到5年，何来欠15年。
中运提出四点说明如下：
1. 船员法为劳基法之特别法，中运公司比照其他航商作法，依据船员法相关规定进行船员退休金提拨，其中《船员法》第 2 条规定船员「薪资、航行津贴、固定加班费(不低于85小时)」属于「薪津」，中运公司皆已纳入退休金计算。
有关「特别奖金」项目，船员法立法时即说明船员在船上工作性质与陆上工作性质差异甚大，国际上对船员之报酬除薪资外，多以航行津贴、固定加班费予以补偿，船上偶有临时性工作则以特别奖金发给，故于《船员法施行细则》第 3 条规定非属经常性给予，不计入退休金提拨。
2. 曾于中运公船队担任机匠的黄姓员工退休金争议乙案，肇因于劳基法及船员法之法规适用疑义。劳动部劳保局认为「特别奖金」项目应列入退休金提拨，中运公司系依法提起行政诉讼，以厘清疑义，并已依行政法院判决定谳之补缴金额完成数千元补缴作业程序。有关「特别奖金」是否属于薪津项目，除行政法院有相关判决外，目前民事法院二审有9例判决均认为中运公司船员「特别奖金」非属薪津项目，中运公司现行依据船员法计算退休金应属适法，并未如中运企业工会指称有违法情事。
3. 薪资级距为投保劳保、劳退、健保三保的依据，中运公司船员「特别奖金」是否属薪津项目涉及薪资级距的调动，不仅连结船员退休金计算，且将影响各项保险的提拨额，如任意调整薪资级距对于现有员工恐造成不公平，甚至可能加重员工负担，中运公司将待民事法院判决确定，在法律上有明确基础后方据以执行。
4. 本案争议肇因于法规适用疑义，中运公司会在遵照法律、符合公司治理及兼顾员工、股东权益的前提下，积极与中运企业工会寻求合理的解决方案，且已于今年11月27日的劳资会议上，与中运企业工会共同寻求对船员最适宜方案之讨论，并准备启动协商作业程序。
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