共同社报导，调查事故原因的日本运输安全委员会15日发表初步报告，指打捞上岸的船体的客舱前部1块玻璃碎裂，船舱舱口的铝合金盖子也脱落，船体一侧的卡扣也有磨损，显示固定装置没有充分锁紧。
据事故发生2天前参加救生演习的人员表示，舱盖处于无法牢牢固定的状态，因此安全委员会判断舱盖在航行途中松开。
报告推断事故经过，研判船首附近甲板约50公分见方的舱口（与船舱的升降口）盖子未密闭，之后被海浪拍打导致松脱，并将窗玻璃撞破，海水灌入客舱前部加速了船体倾斜。再加上舱口对于驾驶室属于死角位置，且船首进水时船身倾斜较小，未能及时发现异常，随著进水量增加，船体也迅速沉没。
甲板下虽有3道隔墙将船舱和轮机室隔开，但均有开口，无法防止进水蔓延。安全委员会认为，若隔墙没有开口，进水仅限于船首附近，不会导致沉船。
安全委员会透过乘客手机的位置讯息锁定航迹，并根据当时气象资讯推测浪高。推测船只从港口启程时，浪高约10~20公分，在知床岬折返时，已超出运航公司「知床游览船」判断停止航行的1公尺标准。研判沉船处附近的浪高可能达到2公尺以上。
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