薛瑞元今出席药品实施GMP 40周年暨PIC/S入会10周年论坛时，接受媒体联访，针对近期的清冠一号公费资格调整争议，薛瑞元说，清冠一号公费资格限缩是陈时中下的指导棋一事，「都是外界在编故事」，公费资格调整的整个过程中，中医界有相当多意见回馈，经过开会讨论后，决定采取中医界看法进行调整，「跟陈前部长一点关系都没有」，近期也没有跟陈时中讨论过疫情。
至于柯文哲爆料说，原本政府为了护航高端疫苗，挡BNT疫苗进来，一直到证严法师翻脸才放行，薛瑞元淡定表示，「这个也是自己在想像的」，BNT疫苗采购相关事宜，陈时中在任时也曾经说明得很清楚，指挥中心也说明的很清楚，本来政府是直接跟BNT接洽，准备直接购买，但到最后一刻，因为「某种因素」，变成BNT不愿意跟台湾签约。
薛瑞元接著说明，接下来包括鸿海、台积电、慈济等，愿意以民间捐赠的方式来进行购买，但BNT是紧急授权的疫苗，很多事情需要政府出来做保证，包括说疫苗救济等，协助采购的单位才能免责，因此政府在当时也是充分的跟这3家民间的团体跟企业合作，来跟BNT与上海复星来谈。
薛瑞元强调，在各方合作下，最后才能够谈成采购，从来政府没有去阻挡过，而且是一方面大家一起合作来协助，在最短时间之内，让BNT疫苗能进到台湾来让民众可以打。
