台大「新海研一号」9月底至东部海域进行科研调查时，因来到与日本经济海域重叠处，遭到日方驱离，称未经同意不于日本专属经济海域进行科研活动。
不过当时双方主张为各自专属海域，后我国海巡舰到场广播协助，对峙约10小时，直至「新海研一号」晚间离开后日方才驶离。
今在立法院教文会进行国科会预算审查，无党籍立委黄国书也询问国科会是否掌握此事件？国科会主委吴政忠也回应「全程掌握」，强调做科学研究出海前，都有和海巡署报备、经核定后才去，并感谢海巡署协助相关动作。
黄国书表示，2019年之前我国与日本都定期召开台日海洋事务合作对话，针对海上安全合作、海洋科学调查等相关学术交流建立机制。
不过黄国书提到，今年其实已发生过好几次类似冲突事件，国科会是否与日方协谈经济海域重叠处可让我国进行科研活动？有无思考重启台日海洋事务合作对话？黄呼吁，若对话停止应寻求途径建立相关交涉机制，并说「国科会看起来没有积极作为」。
黄国书进一步说，这次「新海研一号」事件甚至还是由中国外交部帮台湾交涉，主动要求「不能干涉中国在该海域从事科研」，认为中国是在吃豆腐，询问国科会立场为何？
对此，吴政忠回应「这是台湾自己的事」，指中国没有权利去帮我们维护，且台湾的海巡舰也立即去保护新海研一号，国科会及相关外交单位都会处理，未来疫情更开放，也会持续积极和日方交涉。
黄国书也提到，据国科会统计，我国研究船航行作业期间，近5年就被他国公务船干扰11次，其中2次更被中国公务船尾随跟踪。
黄国书表示，这样的骚扰情形恐对我国海洋研究带来影响，呼吁因应情势加强海研船相关通报和管理；吴政忠也说，海研船出去前都有开会讨论，会与外交部、海委会、海巡署联系，承诺一个月提出报告。
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