针对柯文哲回到台大一事，校方表示，借调期满，归建医学院，担任医学系外科教授一职，并不会有行政职；至于未来工作内容，则会讨论过后再作安排。
至于担任国立大学教授，又身兼民众党主席是否可行，台大回应，政党不是营利事业，也不是政府机关，柯文哲可以向学校申请兼职，由学校来决定是否同意。目前尚未收到相关申请。
根据台大医学院院务会议纪录，柯文哲仍隶属外科部，职称教授，只是2014年12月25日至2022年12月24日借调台北市政府市长，对此吴明贤今出席活动时受访表示，借调期满回来很常见，等柯回归后，外科部会再分配工作，而该院医师主要工作是「教学、研究、服务」，但柯去当市长前，已没有担任行政职务，就是单纯的教授。
台大医学院院长倪衍玄则说，接下来安排得问柯文哲本人，看他的意愿；柯12月24日借调期满，12月25日是周日，所以12月26日报到，他应该有很多想法，就等他回来后再来讨论、安排。
台大医院创伤医学部主任胡瑞恒则指出，柯文哲虽'回来台大医院，但1月底就届龄退休，而公务人员退休一定要先前回到本职才能退休，从台院退休后还是可以去其他医院服务，医师执照每6年更新一次，就看他的医师执照有无到期、到期后有无更新。
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