新冠肺炎疫情于2019年底爆发后，台湾旋即在次年2月底订定「严重特殊传染性肺炎防治及纾困振兴特别条例」，作为紧急应变新冠肺炎疫情的法律依据，囊括特别预算使用、医事与防疫相关人员的奖励措施、遭隔离民众的补偿办法等内容，有效时间长达4年、但也将于今年6/30期满，届时将不再具有任何效力。
为衔接特殊条例，传染病防治法也必须在今年6月底前完成修法，也是庄人祥在接任疾管署长之际，被指派的重大任务之一，而相关修法草案已在去年12月底公告，接受《壹苹新闻网》专访时，庄表示，目前传染病防治法修法草案已经送入行政院进一步审议，也紧锣密鼓希望召开会议，让相关条文能到立法院审理，若修法未能及时完成，最直接冲击的就是民众的补偿措施。
依据特殊条例规定，民众自受隔离或检疫结束日起，2年内都能申请防疫补偿金，且因执行本条例防治工作，感染严重特殊传染性肺炎致伤病、身心障碍或死亡者，中央卫生主管机关应予补偿、补助各项给付或其子女教育费用。
针对民众的相关补助与补偿措施，庄人祥表示，特殊条例原订2年内都能提出申请，因此6/30后，民众应该还是能来申请才对，但因特殊条例失效，届时将缺乏法源依据，故本次在修法内容中新增相关条文。
另针对疫情中备受争议的指定治疗隔离通知书相关内容调整，庄人祥表示，以前相关隔离讯息是以简讯等方式发送，但疫情间陆续出现电子文件等方式，因此在本次修法中也一并修正。
此外，针对多次成为多方冲突关键的疫苗采购问题，庄人祥说，新冠肺炎疫情也突显「紧急疫苗采购」与「常规疫苗采购」之间的不同，故增订相关规定，在常规情况下，疫苗采购需要经过卫福部传染病防治咨询会预防接种组(ACIP)的会议预先评估规划，但在新兴传染病疫情期间，透过此方式明显有其不足处。
庄人祥解释，新兴传染病流行期间，很多疫苗其实在获得紧急授权(EUA)前就必须先下单采购，完全是突发状况、无可预见性，所以无法由ACIP在前一年采购规划，故本次修法希望在中央流行疫情指挥中心成立期间，若经指挥官指示采购疫苗，可依照采购法规范执行、采「紧急采购」做法处理，不需经过ACIP会议评估。
然而，距离条文失效已经剩不到3个月，对于能否来得及完成修法，庄人祥语带保留表示，理想上还是希望6月底之前能完成修法，如此一来特殊条例中特有的部分措施才能够延续下去；至于未能及时完成修法时的过渡应变措施，他仅表示，「要看到时候(的情况)」。
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