疾管署说明，肠病毒A71型为最容易引起神经系统并发症的肠病毒型别之一，其疫苗为全病毒型不活化疫苗，于2023年取得食品药物管理署核准上市，并使用2002年流行的B4基因亚型病毒株去活后制作，接种后肠病毒A71型疫苗，可预防幼儿感染造成重症之风险。
因此，AIPC专家建议，满2个月至未满6岁幼儿，如有接种需求，可至医院诊所洽询，经医师评估后自费接种，但也提醒，虽肠病毒A71型疫苗在血清抗体的体外试验中，可交叉保护肠病毒A71型的不同基因亚型（如 B5、C4），但对于大多数的病毒型别，如克沙奇A16型、肠病毒D68型等，尚无疫苗可供预防，且未有证据显示肠病毒A71型疫苗对于其他肠病毒型别具有交叉保护效力。
疾管署强调，即使接种肠病毒A71型疫苗，也无法确保不受其他型别感染，所以采行一般性的预防 措施，如加强个人卫生、注意环境卫生、避免接触感染者、有疑似症状应尽速就医、于流行期避免出入公共场所等方法，才能避免受到社区内不同型别肠病毒之感染与侵袭。
目前肠病毒71型国产疫苗仅有高端、安特罗2间药厂取得上市许可，2款生产过程均不含动物血清，适用年龄为2个月到6岁，但在接种方面，高端肠病毒71型疫苗于2个月至2岁需接种3针、2岁至6岁需接种2针，且间隔为56天，安特罗则一律为2针，间隔28天。
ACIP委员、台湾儿童感染症医学会理事长黄玉成指出，高端整体的临床试验符合传统三期，且免疫抗体维持是好的，不过在接种剂数规划上比安特罗谨慎，因为担心抗体不够，要求2岁以下儿童接种要打3剂；安特罗的设计则都只有2剂，但2个月至6个月幼儿接种本疫苗之临床证据较有限，可与家属讨论后决定何时（月龄）开始接种此疫苗。
此外，黄玉成提到，若想在接种肠病毒疫苗的同时，接种其他疫苗，高端有做临床试验、取得跟其他疫苗一起打的适应症，不过安特罗疫苗有排除同时施打，要和其他疫苗间隔两周以上，且没有同时打的临床试验数据，但委员会建议，学理上属于不活化疫苗，学理上应可与其他常规婴幼儿疫苗同时、不同部位接种，但想依据仿单间隔两周以上再打也可以。
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