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疾管署统计自2023年9月26日年XBB疫苗开打以来，本土通报确诊并发症及新冠死亡病例中未曾接种XBB疫苗者占99%。莫德纳XBB疫苗自2023年9月开打，Novavax XBB疫苗则是2024年1月9日开打，截至1月11日，两种厂牌新冠XBB疫苗合计接种102.7万人次。
「台湾XBB疫苗接种率实在不好」，林口长庚副院长邱政洵表示，从新冠死亡病例9成是老人且没打XBB疫苗，这告诉我们疫苗的公共卫生意义，但现在民众对疫苗疲乏，忽略疫苗重要性。
台大儿童医院小儿科主治医师黄立民说，只要感染就有风险，年纪大抵抗力差、共病多、若又没接种新冠疫苗，感染容易并发重症，死亡率高。目前新冠疫苗接种两大基本原则，一、至少每年打一剂新冠疫苗，二、新冠病毒平均6个月出现一个新变异株，当出现新变异株，长者需要和高危险族群要维持免疫力，可以考虑再补一剂，6个月之内有打过疫苗比较安全。
邱政洵表示，疫苗中和抗体平均三到六个月就会下降，目前整体趋势建议一年至少打一剂新冠疫苗，但他认为不需要重复接种XBB疫苗，T细胞免疫会持续比较久，即使感染也比较不会重症。
疾管署近四周变异株监测总计，本土检出病毒株以EG.5 (63%)为多，其次为JN.1 (24%)；境外检出病毒株以JN.1 (63%)为多，其次为EG.5 (26%)。疾管署副署长罗一钧说，JN.1变异株占比上升速度比预期慢，预估春节前才会超过EG.5，成为主流病毒株，而影响主要在春节之后。
黄立民推测，原因之一可能是多数人没打XBB疫苗，导致EG.5变异株持续猖獗，病毒之间会互相竞争，后面的JN.1变异株就没有优势。传播比较慢。
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