林智坚论文抄袭案11日开庭，但早在开庭前一天，立院朝野党团审查国安局预算时，国民党指陈明通担任台大国发所长及教授时，利用学术地位替林智坚论文抄袭案掩护、圆谎甚至甩锅，加上后续郑文灿的论文同样因抄袭遭撤销学位，指陈明通不适任也不适格，要陈明通正式公开对国人道歉，并知所进退请辞下台。但陈明通却起身对立法院长游锡堃说，「林智坚的案子，很确定是一个冤案」。
而北院11日下午开庭，林智坚和余正煌的律师当庭交锋，双方都主张自己先完成论文初稿，是对方抄袭，最后余正煌律师忍无可忍爆料指，余正煌当初为了避免论文初稿被他人使用，刻意删光所有引注，而林智坚的论文都没有引注，可见是林抄袭。
对于余正煌律师的说法，陈明通11日透过律师发表声明力挺林智坚，强调当初余正煌把论文初稿寄给陈明通时，删除引注部分，所以陈明通寄给林智坚时，或许林抄的时候没有注意，才没发现引注问题，可证林智坚抄袭事实非常明显，此等言论显然与事实不符。
陈明通的律师声明写道，他2016年1月5日以电子邮件的方式寄送论文写作底稿和格式给余正煌参考，但检视余所提供给法院的证据，在1月28日的论文进度，最核心的研究设计仍毫无进度，但2月1日林智坚的研究计划，却在他的指导下完成雏形，短短两三天内，仍属这领域初学者的余正煌不可能完成研究设计写作，也没有交付或寄送给他论文最新进度，他更无从也无理由将余的档案交给林，「所谓林智坚抄袭余正煌论文，完全不是事实」。
陈明通的声明并指，2月中旬余正煌找他时，他将林智坚已完成雏形的论文计划给余参考，事后余寄给他的研究计划跟论文，在研究设计这部分，「绝大部分皆来自林智坚2月1日的内容」，只增加一些文献探讨，暗指余正煌抄袭。
对于陈明通的说法，余正煌的律师12日深夜发表声明强调，余正煌的硕士论文都是自行撰写完成，没有任何部份抄袭林志坚所称的「公版」情形，声明指出，林智坚所主张2016年2月1日撰写的文字，都是余正煌撰写后交给陈明通，为避免被他人抄袭，而将APA注释部分移除，所以林智坚称的「初稿」，都没有任何APA注释。
对于陈明通声明称，「余正煌论文中的研究计划绝大部分来自林智坚的内容，余正煌只是增加一点文献检讨并引注」等语，纯属无稽，凡写过文章及论文者都知道，一篇没有任何注释的文章，是不可能知悉该段文字的出处，更不可能大海捞针地把引用文章找出来，这是常识问题，「不懂身为一个教授、且贵为国安局长之人，竟然提出此种看法」。
声明指出，陈明通为本案利害关系人，更事涉自身退休前担任台大教职的正当性，本应尊重台大内部调查，并静候法院审理厘清，不应为了左袒林智坚，一再书立声明稿、透过媒体放话，有失身为人师应有的风范格调。
再者，若陈明通主张2016年2月1日来源为陈明通撰写的「公版」，而此「公版」整篇欠缺注释下，身为台湾大学资深教授，岂非自认大量抄袭其他学者的著作，而未有引注，如此说法显然荒谬至极。
声明并痛批，陈明通身为国安局长，在国际情势动荡、两岸情势不稳，却以私害公，为了林智坚的论文，倾全力对付余正煌，恐与身兼国安局长重责大任有违，务请三思。
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