出轨事件发生后，由家属所组成的「太鲁阁的眼泪」向台铁提出再次搜索之请求，并于今年2月27日、3月20日凌晨时分偕同台铁及花莲地检署一同返回清水隧道内，结果竟在轨道下陆续发现许多遗骸和遗物，「因为事故当时急于抢通铁路，不但没有好好清查现场遗骸，也草率地将事故遗落的物品随意堆放在隧道的角落里」，而这些遗骸事后经花莲地检署进行鉴识比对，也确认为当初的11名罹难者。

对此，「太鲁阁的眼泪」发布声明指出，他们实在是难以用言语形容内心的错愕与悲痛，错愕的是，重大事故竟以如此草率的态度处理后续，另悲痛的是，想到挚爱家人的一部分就这样被遗忘在暗无天日隧道里将近三年，他们为此感到相当无措，毕竟原以为死者已完整安葬、入土为安，「那些已盖的棺、阖上的坛，如今该怎么办？」且破碎遗骸在隧道的三年中，还很可能不断被往来的火车呼啸而过、仿佛事故天天重演，一想到这痛苦也就再次翻涌而上。

根据《联合新闻网》报导，一名办案人员表示，案发后要在一周内找出49名罹难者遗体并进行修复、确认身分，人员可说是已用尽全力，毕竟这真的不是那么简单，且如今有家属梦到罹难者托梦称「还在隧道里」，检警能理解心情、接获反映后便再次前往清查，但现在时空背景与当年不同，「这次找出的11人遗骸多是小碎骨，当时找到的都是罹难者较完整遗骸。」