柯文哲卸任台北市长后，遭检举在市长任内包括京华城、台智光、北市科、第一渔果市场改建、南港转运站BOT及政治献金假帐案等，其中京华城弊案奖励容积部分，柯文哲涉嫌图利京华城111亿余元，以及威京集团主席沈庆京与市议员应晓薇涉嫌行收贿4740万元等案情较为明确，但他被扣的随身碟档案中有「小沈 1500 沈庆京」等可疑内容，检方怀疑与柯文哲涉嫌贪污受贿有关，检察官仍需继续调查厘清。
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此外，北检也同步调查柯文哲的政治献金假帐案，检方怀疑京华城的贿款与政治献金有关，因此这段时间密集侦办，传唤相关证人、被告，到目前为止，京华城案被告加上今天改列被告的许芷瑜，已累积至22人。
由于柯文哲、沈庆京、应晓薇、吴顺民、彭振声、李文宗、朱亚虎等7人目前再押，而应晓薇等5人押期将陆续届满，北检不排除会以共犯未到案，还有金流仍待调查等理由，向北院声请延押2个月。
此外，周刊今天报导柯文哲的USB随身碟被检廉破解，除确认沈庆京期约、行贿柯文犯行，并勾稽出行贿金流，而他的大将，现任基隆市副市长邱佩琳与金主处理募款的模式也因此曝光，据了解，还有超过300笔与沈庆京贿款有关的政治献金仍待调查，且柯文哲心腹秘书「橘子」许芷瑜疑奉命赴日至今未归，且沈庆京生病又行使缄默权，导致侦办进度落后，预期检方将声请延押柯文哲等在押被告，并传唤许芷瑜到案，若传拘不到，不排除追缉。
周刊还报导，检廉破解柯文哲的USB随身碟后，他的十大政治献金金主也随之曝光，且处理企业捐款的关键大将就是基隆市副市长邱佩琳，她至少经手7位知名企业家超过千万元。
此外，今年3月间，橘子接到柯文哲指令将现金交接给李文宗后，并将她身边的400万元现金保管好，橘子随即赴日，但她8月27日突然回国，而应晓薇当天在台中机场出境前被拦下，8月29日凌晨被检方声押后，橘子又接获柯文哲命令出境，她一早又飞往日至今未归，她是否赴日处理金流有待厘清。对此报导内容，检方尚未证实。
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