总统健康备受国人关注，过去前总统李登辉、陈水扁和马英九，任内都会定期公布健检报告。2016年5月10日，马英九在台大医院接受总统任内最后一次公开年度健检，当时报告显示，时年66岁的马英九身高178公分，体重76公斤，和同龄者相较更是健康良好。
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《壹苹》昨接获读者爆料，马英九将赴台北荣民总医院，记者直击北荣副院长、全国头痛权威王署君、核子医学部主任彭南靖、神经医学中心主任兼失智治疗及研究中心主任傅中玲等黄金阵容一字排开，在「全方位正子磁振影像中心」门口列队迎接马英九，就连马英九稍后离开时，北荣院长骨科名医陈威明也亲自接送。
根据北荣官网介绍，「全方位正子磁振影像中心」临床可应用在诊疗肿瘤、脑神经疾病和心血管疾病3方向，不仅可区分肿瘤良恶性，也可搜寻隐形癌症；或是评估中风位置、范围、侦测癫痫、脑瘤、失智症病程变化；或是心血管炎症评估及追踪；而正子核磁造影PET位阶高于核磁共振MRI，对于早发性脑瘤，癫痫，甚至类蛋白酶沉淀之阿兹海默等疾病，都有良好侦测效果，所以也成为高阶健检必备的项目。
马英九历时3小时结束体检，约下午3点多离开北荣。记者询问在场的核子医学部主任彭南靖，马英九今天到院是做什么检查？他仅表示为保护病人隐私不方便透露，「就是例行性的身体检查」。今天马办也证实，马英九确实到北荣做完整性的高阶健检。
而回顾马英九过去健检结果，2010年曾发现轻微白内障，当时医生就建议他外出要戴墨镜，帮眼睛擦防晒；2014年他更为此进行白内障手术，摘除白内障并植入人工水晶体，借此改善视力，当时台大医院称，此为一日手术，不影响公务行程。
除了白内障手术外，马英九爱慢跑众所周知，2014年健检发现，马英九右膝关节有陈旧性前十字韧带断裂、内侧和外侧半月软骨手术后有磨损跟骨关节炎，左膝也有轻度关节炎，当时骨科医生提出游泳、滑步机等替代运动建议，并提醒马英九「省著用」。
马英九后来也听进医生的建议，自2016年卸任后，连续8年都参加万人泳渡日月潭活动，去年更以2时48分游完全程，身体状况相当硬朗；此外，他也时常针对时事议题发表看法，2023清明节更带领「大九学堂」学生访中，成为我国首位访中的卸任总统。2024总统大选期间，马英九更数度为了「蓝白合」，出手协调国民党总统候选人侯友宜和民众党总统候选人柯文哲，也一同历经「蓝白君悦会」破局现场，今年更二度访中，与中国国家主席习近平在北京「马习二会」。
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