1988年5月20日，台湾发生大规模农民抗争行动「520农民运动」，当时农民团体于农运提出7项诉求，「成立农业部」即属其中诉求之一。如今事隔近35年，立法院院会今天三读通过《农业部组织法》，该法包括8条条文，明定农业政策、农业资源永续利用、农民辅导、畜牧业及动物保护、农业科技、国际及两岸农业贸易合作、农业资讯管理与资通讯应用发展，及所属机关各项农业相关政策督导作业等10项农业部业务。
正式三读通过的《农业部组织法》也明定农业部将下设8个三级行政机关，如农粮署、渔业署、动植物防疫检疫署、林业及自然保育署、农村发展及水土保持署、农田水利署、农业金融署、农业科技园区管理中心。另外7个三级试验研究机构，分别为农业试验所、林业试验所、水产试验所、畜产试验所、兽医研究所、农业药物试验所、生物多样性研究所。
另配合调整农业部内部单位及所属三级机关名称，所属三级机关虽增加业务，但依然精实机关编制，均以原机关改制，不另增设三级机关。农业部本部设8司，分别为综合规划司、农民辅导司、畜牧司、农业科技司、国际事务司、资讯司，而动物保护司、资源永续利用司则为新成立；农业部本部6处则分别为秘书处、人事处、政风处、会计处、统计处、法制处。
农业部所属机关，设置8个三级行政机关、7个三级试验研究机构，除将相关业务区块进行整并，并依《中央行政机关组织基准法》第6条规定调整机关名称外，尚无增设新机关。
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