马文君今在踏入立法院外交及国防委员会前，被问到民进党的批评，她表示，黄曙光也涉嫌泄密、同样是被告，那黄曙光应该先辞潜舰国造召集人；对于民进党团质疑被告变法官，她也回呛那是民进党发言人吴峥跟跟民嘴李正皓告的，随后就步入委员会。
机密会议结束后，担任主席的马文君则罕见开口解释，称今天国安局的业务报告有些不同，过去都是机密报告，因为之前有立委王定宇、前立委蔡适应提案，希望国安局在可公开部分应公开报告，让国人知道相关讯息，这次为了很多依法行政、还有民众关心的，或是认为她在主持秘密会议的时候会造成什么样的影响，要请局长说明，她在秘密会议中有没有什么危害或影响会议进行的行为。
蔡明彦随后说，马文君针对她的职权行使邀请进行业务报告、机密会议，国安局配合办理，尊重安排。
马文君随后表示，她希望有问题的时候都希望现场讲出来，不要经过很多年才放话，随后她开始进行质询。
不过马文君似乎满腹委屈，质询一开始仍持续提到机密会议的事情，称去年底因为机密会议的一些方式，比如说要不要签属保密协定，虽然那时没有规定，委员会也是共识决，但在国家法律里面已规范公职、民代，都有规范应该遵守法令，但立委认为应该要对民代限制更多，对于被监督的行政单位甚至提出要签属文件，「我们也配合，即使共识要有一定的服装，白上衣黑长裤我们也配合。」
马文君接著又说，刚刚机密会议也开，若有严重违失，希望当场指出来，接著秀出绿委王定宇在2019年3月28日的脸书，称之前在政论、或是周刊也好，都绘声绘影说她进进出出，拿手机但因要放外面，所以放二哥大，「本席从没拿过二哥大」，既然大家会有这样的疑虑，现在有共识就按照共识来，尤其国安单位应该在这部分会遵守的更严谨。
马文君质询完后，随即离开外交国防委员会，不过记者询问她本人，她则说因为要接待外宾，要赶到院长室，之后会再回来担任主席。
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