陈佩琪在脸书表示，「从前人家问我什么时候退休，我都说还早哩，如今会决定提早离开，不是什么人生规划，就只是个人的医疗专业和行政能力现在已不符合北市卫生局的要求」，她强调她的专业领域还是很能够胜任目前工作，也很符合联医的要求，不过因卫生局要求的能力不足，只好先行走人，她表示目前手续都核准且进行中，就等退休日子来临。
陈佩琪表示已在联医服务36年感叹，「我已经努力做到卫生局的期待了，现在做不下去只好自己滚蛋」，虽然自己决定离去，但她还是要为同仁请命，「官员很优秀才能当官这我知道，但也请要给基层工作人员一丝丝的尊重」。
最后她也感谢和平妇幼院区院长许家祯、副院长施世亮，以及和各科前来支援的同事们，在她长达36年医师生涯且生涯最难熬的时刻给予最大的帮助。
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