海基会表示，两岸各项往来所衍生的问题有增无减，必须靠海基会面对解决，愈缺少制度化管道，解决的成本愈高，包括民众赴陆期间遭遇各项紧急问题协助、两岸交流活动参与、大陆台商经营协助、台商子女教育学习支援、在陆就学台生照应、在台陆配关怀、两岸整体情势研析与国内外访宾及智库团体联系交流；另也强化资讯安全以及海基会大楼整体设备维护维修等项目。
根据中央社报导，国民党立委王鸿薇批评陆委会明年度大幅增加对海基会的捐助，她认为两岸关系紧绷，陆委会更劝戒台湾民众不要到中国旅游，海基会现在只剩下文书功能，没有两岸交流沟通功能，明年预算却大幅提高，从今年的1.8亿元提高到2.6亿，足足增加7500万元，实在非常矛盾，她痛批赖政府只想搞意识形态，但花纳税人钱却一点也不手软。
国民党立委李彦秀也指出，海基会董事长和秘书长领取的是「部长级」月薪20万元，特殊状况还不在此限，副秘书长、主任秘书、处长则领取「次长级」薪水。民进党僵化的意识形态不改，陆委会、海基会编再多预算也都是浪费民脂民膏。
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