萧菊贞是清华大学通识中心与人文社会学院副教授，她最初想拍的是「从铁道文化认识台湾」，但当时资源不足，正当思考著要不要放弃时，不少热爱铁道的朋友纷纷推荐她「赶快去拍南回」。原来在2017年时，台湾环岛铁路最后一段电气化工程已经准备在南回铁路启动，这时要用影像为即将产生变化的铁道地景和老火车留下纪录是稍纵即逝的挑战，于是萧菊贞毅然决然带著团队前进岛屿南方。
《南方，寂寞铁道》挖掘出了南回铁路的故事，还有沿线聚落的变化，以及前线铁道员不为人知的生死挑战，成为台湾首部以铁道员故事保存铁道文化的纪录片。《南方，寂寞铁道》也留下了台湾重要的人文历史纪录，像是客家族群居多的「铁道员生态」、国王号蒸汽火车第一次行驶南回铁路，以及蓝皮普快车等旧型列车的身影等等，甚至是南回沿线车站改建前的车站建筑等等，随著铁路电气化工程的完成，片中许多内容和影像都已经成为历史画面。
南回铁路的拍摄过程充满挑战，除了地势险峻、深山无讯号等挑战不断，此外南回班次少，为了捕捉好画面，摄影团队经常需要「翻山越岭1小时，只为拍摄10多秒钟」。不只列车速度难以捕捉，记录铁道员前线工作，也是技术与体力的考验，例如拍摄司机员值勤，得要挤在狭窄的火车头几个小时，都是团队需要克服的挑战。
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