2016年之后，智慧局多次透过两岸协处机制向对岸对口单位反应，但对岸却以「迳行更改我方申请人名称」或「专利申请案不予受理或核驳」的方式，要求我国的专利申请者，让许多需要保护商业创新、专利技术的企业跟发明人，都感到遗憾与无奈。
经济部指出，由于专利权的效力采属地主义，因此我国取得的专利权效力，仅及于我国管辖范围，若要于境外取得专利权保护创新技术，发明人或专利申请权人必须向境外管辖的专利专责机构申请专利。
但中国的国家知识产权局常以「迳行更改我方申请人名称」或「不予受理或核驳」为手段来矮化台湾，许多申请人为避免技术被侵害、保护自有的创新技术，仍必须向对岸官方申请。
智慧局已多次向对岸对口单位反应，呼吁在野政党应团结一致，共同向对岸发声，反对这种矮化台湾的作法。
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