较受到瞩目的人事案为前行政院副院长沈荣津(现为台湾金控董事长)核心幕僚、经济部技监邹宇新曾于担任行政院副院长办公室主任时卷入桃色绯闻，升任产业发展署副署长。另外工业局现任副局长杨志清转任经济部主任秘书。因应业务延续性，多数职务由组织调整前单位主管及机关（构）首长续任。
原加工出口区管理处将结合工业区业务，改组为产业园区管理局，原来的台中、中港、屏东、高雄等4个分处，改制为台北、台中、台南、高屏等4个分局。产业园区管理局局长由经济部加工出口区管理处长杨伯耕续任。
商业发展署署长由原商业司司长苏文玲升任，标准检验局局长由原经济部主任秘书陈怡铃升任，地质调查及矿业管理中心主任由原矿务局副局长徐铭宏升任。产业发展署署长连锦漳、国际贸易署署长江文若、能源署署长游振伟、中小及新创企业署署长何晋沧、水利署署长赖建信、智慧财产局局长廖承威均为组织调整前机关首长续任，经贸人员培训所所长由经济参事李旻禧续为代理。
内部单位部分，「综合规划司」由原研究发展委员会、秘书室新闻科、新媒体小组等单位整并；「产业技术司」由原技术处更名；「投资促进司」由原投资业务处更名；「投资审议司」由原投资审议委员会改制成立；「国营事业管理司」由原国营事业委员会改制成立；「经济法制司」由原法规委员会及诉愿审议委员会整并。
综合规划司司长由研究发展委员会执行秘书庄铭池调任，产业技术司由技术处处长邱求慧调任，投资促进司司长由投资审议委员会执行秘书、投资业务处代理处长张铭斌调任，并代理投资审议司司长。
国营事业管理司由国营事业委员会组长胡文中升任副司长并代理司长，经济法制司司长由法规委员会执行秘书兼诉愿审议委员会主任委员罗翠玲调任，资讯处处长由资讯中心主任林聪仁调任，秘书处处长则由总务司司长魏士纲调任。
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