至于外界有疑问认为ECFA与WTO不同机制，经济部说明，两岸ECFA也是本著WTO原则所订的合作机制，并且也有通知WTO，并没有不同机制的问题。我国WTO代表团也有在100年5月6日致函WTO秘书处，就ECFA向WTO进行早期通知，说明ECFA已于99年6月29日签署、同年9月12日生效。
经济部表示，我方向来主张两岸经贸维持现状对双方都有利，但全球目前都高度关注经济胁迫议题，以刚结束的台美EPPD对话为例，台湾也跟国际友盟国家，共同就经济胁迫议题等共同关切议题进行深度讨论，并就未来合作及加强资讯共享等面向广泛交换意见，为移转与降低风险做好准备。
经济部再次强调，为因应对岸非经济性的政治风险，已与自行车、工具机及机械、手工具、螺丝扣件、铸造业、纺织、塑胶及橡胶等产业密切沟通座谈，提供各项问题协助，并备妥相关政策工具，以确保相关业者权益。
经济部强调，两岸均为WTO的成员，双方贸易争议问题应在WTO架构下协商，不应单方面自行认定贸易争端。
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