根据世博官网介绍，在园区中共有46处公共厕所，其中18处是「性别友善厕所」，开幕之前勘查时，两侧是男女共用的隔间式厕所，中间的走道是共用的镜子和洗手台。
然而《周刊女性PRIME》报导，后来发现园区中并不是每一间性别友善厕所都是相同格局，有些并非全是隔间，男性必须先经过女性专用的厕所，才能到达小便斗。
这让许多日本网友议论纷纷，直说「这样太恐怖不敢用」、「绝对不会去」、「是谁说要这么做，太过分了」、「可以不要什么都要多元性吗？」也有记者质疑，虽说是谁都能使用，但谁来确保使用者的隐私和安全，部分游客因此必须提高警戒心。同时也指出，这样的空间设计可能存在偷拍的风险，甚至让女性暴露在男性暴力的危险之中，成为犯罪的温床。
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