指挥中心发言人庄人祥表示，该媒体引用的国际疫苗平均价格，主要消息来源也不太知名，疫苗采购单价可能影响变数包括采购剂量多寡、采购时机、以及是否为中低收入国家，媒体报导对于同仁的努力与操守是一种污蔑，也是莫须有指控。
指挥中心指挥官王必胜8月22日公布，至今年底政府自购5351万剂疫苗，采购金额共408.6亿元，平均每剂765元。指挥中心发言人庄人祥说名，5351万剂包括1000万剂AZ、2609万剂莫德纳、766万剂BNT、500万剂高端，及COVAX机制取得的476万剂。
根据美国生医专业《BioSpace》报导，国际每剂莫德纳要价25至37美元，每剂AZ为2.15到5.25美元不等，BNT每剂19.5美元。但前防疫指挥官陈时中今年3月8日在备询时透露，我国采购AZ疫苗每剂5到7美元、莫德纳每剂30多美元。
另外，高端疫苗采购价，单剂量包装为每剂881元、多剂量包装则是每剂810元；经由COVAX平台拿到的AZ和Novavax疫苗，指挥中心在2020年11月说，每剂订金为10.5美元，实际采购价可能更高。
国内有媒体依上述各厂牌疫苗的国际平均价试算，5351万剂疫苗总价约335.4亿元，与指挥中心公布408.6亿元，两者差距70亿元，防疫专家王任贤直言，「这是赤裸裸的合法贪渎」。
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