卫福部报告指出，指挥中心自109年9月起，已采购新冠肺炎疫苗3341万剂，其中COVAX平台共476万剂、AZ疫苗共1000万剂、莫德纳共605万剂、高端疫苗500万剂、BNT疫苗760万剂，且110年7月已和莫德纳公司签订2年共3500万剂新冠肺炎疫苗的采购合约。
此外，卫福部指出，台积电、鸿海／永龄基金会、慈济基金会等3间企业与民间团体共捐赠1520.7万剂BNT疫苗，友邦国家则捐赠905.8万剂疫苗，截至9/30为止，自行采购加上各界捐赠的疫苗到货总数约6595.6万剂。
疫苗采购经费部分，卫福部说明，截至9/30为止，疫苗采购相关经费共498亿，其中疫苗采购共435亿元，包括疫苗本身费用、冷链物流配送、预防接种受害救济金等，另施打作业相关费用共63亿元。
然而审计部报告指出，疾管署办理国内新冠疫苗采购时，针对高端疫苗部分批次未能如期交货一事，虽有计罚「每日违约金」，但「逾期30日以上仍未能履约」的相关违约金，却未能依约索讨，「亟待检讨妥善处理」，经审计部提出审核意见后，疾管署已就此改善、扣罚违约金。
审计部报告进一步统计，截至9月底，台湾目前疫苗到货总剂数为6595万剂、耗用5787万剂，高端的500万剂采购中，亦包括高端公司免费供应的20万剂疫苗，且耗用的448万剂中，亦包含捐赠给索马利兰共和国的15万剂。
至于10/11起，将开放18至49岁民众接种莫德纳次世代疫苗追加剂接种，媒体于会前询问，有些属于第一阶段、第二阶段的民众因为刚确诊，还不能打次世代疫苗，新开放的族群是否会挤压到相关量能、让曾确诊的长者反而打不到疫苗？卫福部长薛瑞元对此回应，会持续关注疫苗打气，并视情况进货、让民众有疫苗可打。
针对审计部今指出，疾管署一度未追讨高端未能履约逾期30日的违约金，媒体于指挥中心记者会询问当时的状况，对此指挥中心发言人庄人祥回应，高端的违约部分，据知已经在今年3月根据逾期30天记录，计罚该部分价款2%的违约金。
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