日前外界质疑「疾管署帮高端做保护力报告」形同「政府帮高端赶作业」，薛瑞元表示，疾管署不是「帮高端」做保护力报告，而是因为现在已经进入次世代疫苗时代，故针对国内先前已经开打的单价疫苗做统整、把资料整理好，以了解各个不同疫苗的保护效力是怎么样，「不是针对高端，而是对国内所有有施打的疫苗做真实世界的资料分析。」
薛瑞元强调，该份报告不是为了高端而做，只是高端审查委员会审查要求提出保护效益报告，刚好疾管署有资料，当然要提出来供委员参考，才能让委员确认紧急授权是否可以接受，过程中包括高端自己做的资料、某医学中心报告、疾管署报告等都很重要，「不是为高端做出这份资料，其他国家也有这样针对国内施打的疫苗做综合分析。」
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