郭台铭近期因不满台湾迟迟没有采购BNT次世代疫苗而杠上中央流行疫情指挥中心，强调应给民众更多选择、避免混打风险，被卫福部长薛瑞元形容说词像BNT推销员，指挥中心也表示，曾设法与BNT、上海复星讨论，能否将原先剩余的疫苗配额换为次世代疫苗，却遭公司端拒绝，而莫德纳公司合约有提供此弹性，且剂量充足、安全性足够，故目前BNT次世代疫苗相关采购仍在评估中。
针对相关疫苗争议，上海复星今晚发布新闻稿指出，已于12月4日向台湾相关部门提交了面向5至11岁儿童群体的BNT次世代疫苗的紧急使用申请，在公司和疾管署签署的采购合约框架下，未来订单都是可以换成BNT次世代双价疫苗，早日让台湾民众用上急需的疫苗。
对于上海复星的政策转变，指挥中心表示，指挥中心曾于今(2022)年10月7日询问BNT及复星公司，能否将尚未到货之110万剂儿童剂型疫苗换为次世代疫苗儿童剂型，当时复星公司回复无此弹性。今日对于这样的政策转变，指挥中心表示感谢。
指挥中心强调，现今国内次世代疫苗尚有400万剂，次世代疫苗订单也仍有1500万剂可供使用，依照每日疫苗接种人数仅2至3万人次计算，库存量尚且充足。未来若有需求，一定会将BNT次世代疫苗列入明年疫苗采购考量。
关于BNT申请5至11岁儿童的次世代疫苗紧急授权一事，指挥中心发言人庄人祥表示，目前相关案件仍在审核中。
指挥中心呼吁，接种次世代疫苗追加剂对BA.5等变异株仍具保护力，可降低因感染COVID-19造成之重症、住院或死亡风险，请民众尽速接种。
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