指挥中心指出，上周完成116例Omicron亚型变异株确定病例基因定序，分别为22例本土个案（12例BA.5、7例BA.2.75、3例BQ.1）及94例境外移入（47例BA.5、32例BF.7、10例BA.2.75、4例BQ.1、1例BA.2）。
针对本周基因定序结果，指挥中心表示，目前本土仍以BA.5仍为本土主流病毒，占55%，其次为BA.2.75，占32%，BQ.1则占14%，且目前尚未检出造成美国疫情流行的XBB.1.5变异株，自中国入境确诊旅客基因定序方面，则有39例BA.5、30例BF.7。
此外，指挥中心指出，境外移入个案基因定序结果中，本周未验出XBB变异株，BA.2.75占比自上周的30%增加至本周的40%，BA.5占比则自上周的30%提高为本周的32%，BF.7占比也自上周的3%略微提升为本周的8%。
指挥中心医疗应变组副组长罗一钧表示，整体来看，变异株还是以BA.5为最多，BQ.1两周前曾上升过但上周又下降，可见除了BA.5以外的变异株，还在彼此消长拉锯，没有说哪一个就一定居于主流占上风，所以还是主要看春节过后的变化趋势，且初三诊所开诊、春节连假后一周都是观察关键时期。
针对本土个案基因定序结果，指挥中心指出，新增12例BA.5本土个案，占上周所有已定序之22例约54.5%，为6名男性、6名女性，年龄介于20多岁至80多岁，分布为北部6例、中部2例、南部3例、东部1例，确诊日介于去(2022)年12月31日至今(2023)年1月12日。
境外移入个案定序方面，指挥中心表示，针对国内境外移入之94例个案，为72例男性、22例女性，年龄介于未满5岁至70多岁，入境日介于今年1月3日至1月11日。其中检出47例BA.5个案分别自中国(39例)，日本(5例)，南韩、泰国及韩国(各1例)移入；32例BF.7个案分别自中国(30例)，日本(2例)移入；10例BA2.75个案分别自越南(5例)，日本(3例)，泰国及马来西亚(各1例)移入；4例BQ.1个案分别自日本(3例)，美国(1例)移入；1例BA.2自菲律宾移入。
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