赵少康透过脸书指出，根据美国资料，「采用唾液PCR比鼻咽PCR检查更准确」，而目前中国要求自台赴中旅客需提供登机前48小时PCR检验报告方可登机，但台湾一般医院只提供「鼻咽PCR检验」，不提供简单快速的「唾液PCR检验」，一次要花费3500至4500元、耗时1至2天，特急件要价7000元，劳民伤财又痛苦、耗时，让春节后规划前往中国的台商怨声载道。
赵少康质疑，既然为了要保护国人，入境都可以采用唾液PCR检查，出境为什么不能同样用唾液PCR，而非要用深戳鼻子的鼻咽PCR？一万人平均就要4000万，10万人就要4亿，卫福部大费周章到底要图利谁？为什么不积极推广采用唾液PCR筛检，而要折腾众多欲搭机的旅客？
针对赵少康的指控，指挥中心医疗应变组副组长罗一钧解释，针对PCR准确度，过去统合性研究显示，「鼻咽PCR准确度略优于唾液PCR」，唾液PCR建议用于定期筛检、普筛、广筛等情境，牺牲一些准确度，以快速执行检验。
至于PCR检验费用部分，罗一钧说，民众自费PCR检验采检部位以鼻咽或咽喉为原则，价格则属自费市场，由机构自行订定后、回报县市主管机关核准，因此没有图利一事，且若民众自费筛检若不愿进行鼻咽PCR，希望检验单位改以唾液PCR，院方也会依据民众需求来改变采检方式，没有问题。
指挥中心也澄清，民众前往部分国家需事先进行自费检验，系因入境国家之规定要求进行，我国并无要求出境旅客均需进行PCR检验，且其数自费市长，自费检验费用经检验机构订定后，须经所属县市主管机关核定并公布，强调绝无｢卫福部要图利谁」一事。
此外，罗一钧提到，其实用唾液做PCR，成本上并不会比鼻咽更便宜，因鼻咽检体比较纯，可将多支检体混合、以池化方式进行检验、减少成本，而唾液则比较杂，可能含有口腔碎屑、食物残渣等，前置处理较麻烦、耗时，因此不适合池化检验，只能一支一支检验。
且指挥中心也补充，依据针对多项研究之统合性分析结果，及近期瑞士发表针对Omicron的前瞻性临床试验，仍显示鼻咽PCR之敏感度略优于唾液PCR，并建议唾液PCR用于定期追踪采检、大规模筛检（例如入境旅客于机场例行之筛检）或无法执行鼻咽／咽喉采检等情境较适合，国内多数专家亦认同前述作法。
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