卫福部前部长陈时中竞选台北市长期间，薛瑞元多次站台开讲助选，投票前一周提及陈仇恨值高，是因挡了疫苗掮客几十亿元财路，结果民进党在九合一选举惨败，薛也被点名是战犯，是压垮陈时中选情的最后一根稻草。
去年九合一选举前，国民党和网军穷追猛打高端疫苗采购过程争议，薛瑞元形容攻击手法很讨厌，「就像被头虱咬到」，行政机关应该接受监督，不过重复问题一直问，给了答案还是觉得不够，消耗公务人员处理正常事务的时间。
而立法院国民党团痛批食药署专家审查高端疫苗保护效益，竟有疾病管制署充当枪手、帮忙交作业补考，书记长李德维代表党团赴台北地检署，告发薛瑞元、疾管署署长周志浩涉嫌违反贪污治罪条例、公务员图利罪等。
薛瑞元具备医师、律师双执照，当时强硬回击「我不是可以任人欺负的公务员，就跟他梭哈，无论将来我是否离开公职，无论李德维未来是否为立法委员，我跟他拚了，我们2个一定有一人会被抓去关」。
此外，鸿海创办人郭台铭先前为母亲打不到BNT次世代疫苗杠上政府，质疑政府不采购BNT次世代疫苗，让民众必须承担混打疫苗风险。薛瑞元对于要政府采购特定品牌，回应「听起来像是BNT推销员」，结果惹毛郭董回以「庙堂之上，朽木为官；殿陛之间，禽兽食禄」等重话。
行政院长苏贞昌后虽出面缓颊，评论2人各有对错，郭台铭热心积极，薛瑞元也不是那意思，但跟推销员一起讲，容易被人家连在一起，怪不得郭跳起来，「政务官这样子讲法，我特别要表示道歉」，但话锋一转也说郭不应骂薛是朽木、禽兽，这不是好的对应方式。
薛瑞元对于个人去留向来抱持淡然态度，选后被点名是战犯，他说，「若必须要负责某种政治上的责任，我也不回避」，而对于内阁改组问题，也曾强调「我个人的去留不重要，把握当下，好好做事」。
新内阁名单陆续揭晓，卫福部长未公布之前，媒体曾致电询问薛瑞元是否可能留任，他仅一贯从容地说：「还不知道，我不清楚，我是无所谓啦，还好啦，哈哈哈哈…」。
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