监察院于2月22日通过监察委员林郁容、王丽珍、苏丽琼、萧自佑所提调查报告，要求行政院督促卫生福利部对于新冠肺炎疫苗的整备与采购决策及作业程序未臻周妥之处，进行检讨改善。4名监察委员表示，为究明实情，调查过程咨询国内专家学者及约询时任卫福部部长陈时中、疾管署长周志浩及食药署署长吴秀梅等人后提出调查报告。
监察院要求行政院督促卫生福利部对于新冠肺炎疫苗的整备与采购决策及作业程序未臻周妥之处，进行检讨改善，然对高端疫苗采购篇幅极低，且未提及近200万剂高端疫苗遭报废，仅提到高端至今未取得三期临床实验结果等，被形容是「放卫福部一马」。
薛瑞元今（3/2）赴立法院社福及卫环委员会备询，会前有媒体询问此事时回应，监察院报告内容还没接到，所以详细内容还不太清楚；至于目前三期实验结果，薛瑞元则回应，高端三期实验由世界卫生组织（WHO）资助，WHO目前还没公布结果。
现场媒体追问，监察委员也指出，疫苗采购部分，对民众疑虑事项善加说明澄清，并检讨目前将相关签稿文书之机密等级设定「密」等之必要性，适当开放予各界检视。
薛瑞元回应，合约约定保密期限，时间到才解密，有5年、7年、10年不等；另公文处理流程部分，设定30年保存、密件传递，这部分接到监察院监察报告后，会检视提出的建议内容、适度来检讨过去疫苗采购相关文件保存是否还需要，有哪些不涉及到合约保密协定、是否适宜解开密件的方式保存会做检讨。
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