健保针对缺药提出五大因应机制，一、单一窗口处理，专人协助处理购药问题并与食药署横向联系。二、即时掌握缺药资讯，食药署药品短缺讯息，藉健保VPN周知健保特约院所。三、跨单位合作，因缺药而专案进口或制造药品，健保署配合优先核价并尽速生效。
四、不敷成本之药品，可依特殊药品重核药价。五，替代药品仍可申报费用，非医嘱不可替代，得以相同价格或低于原处方药品价格之药品替代。
健保署署长石崇良表示，主要可分成三种药价调整状况，第一种，厂商因汇率或成本变动等因素不敷成本，未必要等到缺药，厂商可以主动申请提高健保给付药价。健保署会先看国内是否有替代药品，若经专家会议及共拟会议认定为特殊药品或不可替代特殊药品， 会尽快在三个月内核定新的健保药价。
为避免药价调整对市场产生影响，特别是已经进货者，石崇良说，一般而言，新药价公告后，将于次次季生效，若这期间发生缺药则缩短一个月缓冲。
第二种情况，厂商因故不再供应，依法应于6个月前告知健保署，石崇良表示，若国内无替代药品且跟健保药价相关，则进行专家会议和共拟会尽快在3个月内核定新药价。若无法供货与药价无关，健保署会联系食药署征求专案制造/输入。
石崇良特别说明，专案制造/输入的药品若与原本药品价格相同，直接核价；若与原本药品不同价，将走快速审查方式尽快核价。
第三情况是临时发生缺药，无法提前通知，石崇良指出，同样先判断是否有替代药品，若无替代药品，健保署会跟食药署讨论是否紧急专案制造/输入药品，并且尽快核定药价。
卫福部长薛瑞元表示，有时候经了解未必真的缺药，可能医院没缺，但在社区药局缺药，这就是调度问题，我们会判断缺的是哪一种药物，比如慢笺，病人第二次和第三次会就近在社区药局拿药，这种情况就会进行调度，要求厂商多供应给社区药局，医院端若库存足够就减少供应。
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