邱仲峰于今年3月底卷入绯闻案，女方为义守大学生技系教授杨智惠，亦是北医大创新前瞻中心顾问，消息曝光后，邱闪辞院长职位，但仍继续担任放射肿瘤科主治医师，事件爆发后1个多月来，邱并未出席任何媒体公开场合，今登台演说时神情略显疲惫，开口时语调也没有事件前的意气风发，略显犹豫和低调，但随话题深入质子治疗领域，再度展现出自信与果决的专业特质。
今邱仲峰以质子治疗在乳癌相关治疗的应用为题进行公开演说，并分享北医附医质子中心成立后的成果，邱指出，北医附医从去年8/1开始正式使用质子治疗，至今有高达24%是乳癌病患，而光子治疗时代至今，要再进步机会有限，但粒子治疗还有有10到20年的未来性，还会不断有新技术、新适应症可能出现。
邱仲峰解释，心血管疾病是乳癌病友最大的挑战之一，以放射治疗来说，技术上已经不是困难，如何能够更清楚标示出与心脏血管有关的部分是现在最重要的要务之一，一项高达6万多人的研究显示，从诊断到第10年起，乳癌已经不是最高死因，放射治疗时对心脏的平均剂量每增加一个等级，往后心血管疾病的风险会增加7.4%，如果治疗后才回溯性预防，就已经为时已晚。
针对质子治疗优势，邱仲峰说，质子到一定深度才会有反应，反应完立刻衰退，因此对一般组织的影响相对小，其特殊的物理特性、生物特性，使其变成对抗癌症更好的武器，目前世界已经有108部质子治疗设备运作中，全世界接受质子治疗的患者数也突破式的上涨，更有众多论文工作还在持续进行中。
邱仲峰表示，目前针对年轻、40岁左右，病变发生于左侧，有心肺疾病者，会主动告知有质子治疗此一选项，每个病患都会跑过质子治疗与光子治疗后的预测图，可以明显比对出差异性，让病患有其选择依据，心脏剂量可降低85%、对侧乳房剂量降低85%、肺部剂量降低50%，美国放射肿瘤协会公布的适应症则包括双侧乳癌、有心肺疾病、第二次放射治疗等，内容还在逐步增加当中。
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