疾管署说明，新冠肺炎今年5/1起降阶为第四类传染病，指挥中心同步解编，但医师发现符合临床条件及检验条件之中重症病患仍须于24小时内、透过传染病通报系统（NIDRS）网站或或运用医院电子病历（EMR）等方式通报。
此外，通报后依现行规定，确诊个案经医师评估有隔离治疗之必要时，可住院隔离治疗，并由医疗院所填具「法定传染病隔离治疗建议书」，经医疗机构所属之地方主管机关认定后，由地方主管机关开立纸本「严重特殊传染性肺炎隔离治疗通知书」等相关文件送达病患或其家属。
针对通报时限与纸本作业对一线医疗人员带来众多压力，疾管署发言人罗一钧表示，指挥中心成立期间，以权宜方式改为电子开立隔离治疗通知书等相关文书，但此类文书需要确认民众是否收到、了解内容，疫情间只要电邮未被退回，即认为民众收到资讯，人权团体可能会觉得便宜行事，指挥中心解编后，权宜措施去任务化、回归常态，若要延续电子开单，涉及法规，有提案于《传染病防制法》中增修相关条文，纳入相关法源依据。
罗一钧进一步指出，现阶段会先就24小时通报时间限制先做处理，目前已经在跑程序，预计6/1会公告放宽通报时效与开单时间为72小时，让医疗院所不用周末加班处理相关工作，另6月初也会请专家会议讨论，是否进一步限缩新冠肺炎并发中重症个案隔离条件，或是依照一般感控隔离措施即可。
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