黄轩说，根据研究，筷子上的细菌菌落数平均为25,610CFU，最高可达30,128CFU，致病菌检出率为5%。中国辽宁省人民医院微生物室研究指出，于厨房使用2年后的木质筷子，含菌落数为每平方公分16.3，而使用近2个月的金属筷子，所含菌落数仅为每平方公分0.7。 代表，木质筷子较容易藏污和繁殖细菌。
而台湾也针对4种材质的筷子分析「清洗干净后的含菌量」，结果发现 :不锈钢筷的含菌量最低竹筷和仿瓷筷子含菌量相近，分别为350、310(远超过标准值的200只)木筷的含菌量则为600，比标准值高出3.3倍！
黄轩指出，若有条纹的竹筷，其含菌量竟然高达13,000！不但比一般竹筷多了37倍，也比马桶盖肮脏7～8倍。他解释，木筷子在潮湿的状态下，也可能会比较容易有发霉和细菌繁殖的情形。
黄轩并说明，筷子上细菌的来源包括口腔细菌、食物残渣、环境细菌。惊人的是，筷子在使用过程中接触到空气和环境中的细菌，这些细菌也可能在筷子表面存在。在潮湿的环境下，细菌繁殖速度约20分钟就会增加1倍。
「用一次性筷子(卫生筷)，就比较卫生？」黄轩指出，研究发现卫生筷子的细菌检出率为97.5%，与普通筷子的细菌检出率（97.0%）并无显著性差异。但与普通筷子相比，一次性筷子(卫生筷)的硫化物的化学含量均较高。 他呼吁还是「不要用衞生筷子，又脏又毒！」
黄轩建议，清洗筷子时应仔细清洗，避免残留食物残渣和油渍，并且应该每次清洗后将筷子放在碗架上散开晾干，再将「筷尖朝上放进筷筒」，并且筷筒应该竖立放置，避免筷尖沾染筷筒底部的细菌。
黄轩还说，筷子应该存放在通风干燥的地方，以防霉菌污染，并且最好每周清洗消毒一次。如果家庭经济可以，也建议可使用消毒柜进行杀菌。也有专家建议，每1—2个月彻底煮一次筷子，高温消毒效果好；每半年更换 一次筷子。
另外，使用金属筷子也是一个好的选择，因为金属筷子不易出现裂缝滋生细菌。没有任何凹槽或纹路的304号不锈钢筷子，也许是比较不容易有细菌滋生的。定期清洗、晾干和消毒筷子，以及选择适合的筷子材质，都是避免细菌滋生的重要方法。
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