疾病管制署说明，基于保护国人健康立场，政府自2020年起即积极洽购包括BNT在内的各种疫苗，亦采取多元外购与国内研发双轨并行方式，以取得足够疫苗数量，并尽速提供民众接种。惟与BNT公司于2021年1月8日合约签署最终阶段，因政治外力影响合约签署，致签约无疾而终。
而2021年6月，鸿海永龄基金会、台积电及慈济基金会表达愿意捐赠BNT疫苗后，考量COVID-19疫苗为紧急授权药物，疫苗药害追偿风险高，原厂只愿意与中央政府交涉采购及签约，以确保疫苗供应、分配、品质及安全等无虞，政府亦成立专案小组积极协助采购，处理相关法律问题及紧急授权许可，完备相关程序，方能提供民众安全有效的疫苗，绝无阻挡。
另针对新冠高端疫苗采购，疾管署指出，COVID-19疫情流行之初，全球疫苗的产能尚未扩充至足以供应各国需要，世界大国以投资方式超额采购，致使多数国家难以与欧美等国家竞争。为获得安全有效的疫苗，我国采取多元外购与国内研发双轨并行方式进行采购疫苗，并与世界各国一样积极推动辅助国产疫苗开发。
疾管署表示，后续以国际EUA核准标准且后来其他国家(如欧盟、韩国等)也采取免疫桥接法核准高端COVID-19疫苗。依台湾COVID-19疫苗大数据，显示接种高端COVID-19疫苗对于预防中重症、死亡具有保护效益。采购程序皆符合政府采购法等相关法令规定，过程中亦接受立法院、审计部及监察院之监督、查核和约询。
疾管署强调，针对疫苗采购与接种推动，均秉持专业且以全民健康福祉为优先，并已多次澄清说明，对于仍有不实言论深表遗憾，盼外界能本于事实评论，共同维护国人健康安全。
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