国民党总统候选人侯友宜上周六在辩论会中指出，防疫弊案重重，新冠疫情期间，新北市提出很多建议都不被中央采纳。
疾管署副署长罗一钧表示，指挥中心成立期间，对于各县市首长提出建议，均相当重视，透过中央地方视讯会议、专家会议等方式讨论研商，针对口罩时机，入境筛检、确诊条件等议题，指挥中心亦广泛收集各界意见及专家学者建议，依国内外疫情状况适时调整，绝无「政治挂帅、政党考量」。
疾管署整理疫情期间对于新北市所提建议，罗一钧举例，Omicron疫情爆发导致确诊者大量增加，中央听取新北市政府第一线建议，快速调整方针改采居家照护、放宽接触者居家隔离采检条件等，中央亦及时制订相关指引供地方遵循，中央地方共同合作因应疫情，指挥中心绝对没有不听新北市的意见。
另外，因应2022年4月国内COVID-19疫情急速上升，国内家用抗原快筛试剂需求遽增，市场快筛试剂缺货且价格昂贵，故指挥中心紧急征用快筛试剂，并推动家用抗原快筛试剂实名制。疾管署指出，当时贩售为价格为100元，与各国相较并无偏高。另相关采购均以符合采购法规定为之。
疾管署强调，针对COVID-19疫情期间疫苗采购之诸多不实言论，均已多次澄清，采购过程依照政府采购法相关规定执行，绝无涉炒股或其他不法之事，更无阻挡任何疫苗购买。
COVID-19疫情流行之初，全球疫苗的产能尚未扩充至足以供应各国需要，世界大国以投资方式超额采购，致使多数国家难以与欧美等国家竞争。为获得安全有效的疫苗，我国采取多元外购与国内研发双轨并行方式进行采购疫苗，并自2020年起即积极与莫德纳、BNT等疫苗厂洽购各种COVID-19疫苗，同时积极辅导国产疫苗开发。
疾管署重申，提供民众接种之疫苗亦均经卫生福利部食品药物管理署紧急使用授权或核准，确保疫苗安全无虞。COVID-19疫情期间各项防疫政策推动，均秉持专业并以全民健康福祉为优先，同时参采地方政府、专家意见与国际经验等适时调整，且依法行政，亦无不法及图利等情事。
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