林咏青在2012年进入疾病管制署担任防疫医师，原本是家医科住院医师，却没有继续在临床看诊，反而前往美国攻读公共卫生硕士学位，他回想其中一个关键是医学生时期参加服务性社团，到偏乡协助家访和调查当地居民糖尿病比例特别高的原因，发现是饮食问题加上很少健康检查，高血糖却不自知，让他体会到公共卫生及早介入可以改变很多人。
林咏青分享念公共卫生都会听过一个例子，先后有2名溺水者从河川上游流下来，临床医学做的是在下游一个一个把人救起，治疗后让他们恢复健康，预防医学则想了解上游发生什么事，到源头去解决，不让溺水事件再发生，下游跟上游的工作层面不同。
美国约翰霍普金斯大学公卫学院有一个句经典：「Protecting Health, Saving Lives—Millions at a Time」，林咏青坦言这句话对他冲击蛮大，一个公共卫生政策或决定可以一次拯救百万人，例如预防接种，不像临床医学直接治好一个人，效果立见，公共卫生可能做了很久，只看到统计数字改变，可是它背后代表的是很多人的健康与生命。
林咏青回忆12年来最印象深刻的防疫任务，大概有四个，第一个是2012年刚进入疾病管制署，有一个团膳食品中毒事件需要去团膳公司厨房调查环境是否脏乱、检验水质，第一次代表公部门行驶公权力，其实也很怕对方拉下铁门不让他们离开，所幸业者都很配合，知道我们不是来找碴而是真的想要找出原因。
第二个印象深刻是2013年H7N9首例境外移入，林咏青笑说，疾管署公布那天恰巧是他的生日，因为个案不是一入境就确诊H7N9，还有去看医生，当时他被分配要去诊所疫调，希望尽快找出所有接触者，当时风声鹤唳的感觉让人印象深刻。
第三个印象深刻则是2016年国防大学学生阿立因感染爱滋被退学，阿立为了捍卫就学权，透过爱滋权益促进会向卫福部提出诉愿，卫福部裁定歧视，开罚国防部100万元。
林咏青表示，这不仅涉及传染病防治，还有传染病患者的人权、权利保障，外界看的可能是卫福部和国防部两个机关在拉扯，但对我们而言，很重要的意义是「防治不能忽视人权」，阿立事件当时也收到联合国爱滋病规划署(UNAIDS)支援。不过阿立后来没有回到国防大学，转当社工，2023年3月19日车祸身亡。
第四个印象深刻的防疫工作，林咏青认为，新冠肺炎刚爆发要去武汉机场接台商回来那一次最惊险，当大家都很害怕不敢去，我们就是要去完成这个任务，但林咏青出发前仅轻描淡写跟家人说「我要去出差」，直到回台湾才跟家人讲述过程。
林咏青坦白说，从武汉回来居家隔离期间难免担心自己发病，「可是我觉得那就是一个使命啦！不是我去，不然是谁去」，了解这项任务的风险，做好所有的防护尽量把风险降到最低，再来就是听天由命。
林咏青指出，在台湾政府体制公共卫生下，其实并没有那么多医师参与，公共卫生加入有临床医学经验的人，可提供不一样的观察和专业。
除了医学和公卫专业，林咏青也对公共卫生相关法律有兴趣，拥有法学硕士学位，新冠疫情期间很多防疫措施跟法律有关，未来传染病防治法修法，也都是可以参与和贡献的地方。
林咏青透露，防疫医师有一个特质就是不只有单一兴趣，疾管署其他防疫医师也各有专长，例如有的医师拥有医学资讯学位，可以发挥在监测系统建置、聊天机器人、AI运用、疾管家也有防疫医师参与，把系统弄得更好。
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