黄国昌指出，卫福部对外新闻稿，以及送到立法院卫环委员会的专案报告，都提到从去年12月11日开始，已经针对中国辣椒粉进行100%逐批查验，但根据卫福部后来的公告，今年1月1日、1月24日、2月1日、2月17日都还有厂商违法输入，产品流入到市场后，被查出含有苏丹红，究竟卫福部声称的「100%逐批查验」是真是假？
对此薛瑞元表示，当时「100%逐批查验」的命令下去之后，食药署在海关的同仁原先以查验农药为主，可能因此认为是「100%检验农药」，而苏丹红「并没有」100%，造成有2批进口遗漏。
「这是我们的错啦！」薛瑞元坦言，是卫福部高层这边指令不够明确，让基层的同仁以为是农药100%检验。
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此外黄国昌指出，另2批关于苏丹红粉的违法进口，卫福部回函称，因「连续五批逐批查验检验符合规定，依《食品及相关产品输入查验办法》第10条第1项第2款规定，查验方式改采加强抽批查验。」
吴秀梅表示，在边境的检验，如执行「100%逐批查验」，若连续5批合格，就会降级，这是本来的程序。但黄国昌说，卫福部对大众的新闻稿及给卫环委员会的报告中从未提及此事。
薛瑞元则承认，苏丹红案不能用「常规」来看待，现在已明确列出9种不应出现在食品中的添加物，也坦言应适用《食品及相关产品输入查验办法》第10条第2项，在查验上不应该降级。
黄国昌肯定薛瑞元面对错误的态度，并呼吁卫福部查明，为何在爆发食安风暴时，给第一线的指令会出差错，「一定要搞清楚，绝对不能再犯！」
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