许多疫情前台湾直飞的日本航点，疫后尚未恢复，从成田、羽田、大阪关西等一线城市航点转机，成了造访这些城市的方便法门。日航目前每日有2班往返「台北松山-东京羽田」，其中JL96/JL99为早去晚回航班，旅客在羽田机场可衔接绵密的JAL日本国内线，前往日本全国地方城市，也可在东京转机飞往欧美城市，并且提供每周4班早去晚回往返「台北桃园-东京成田(JL802/JL809)」飞航服务。
2022 ITF旅展期间，日航推出台北飞日本全国城市，来回机票未税7998元起，更主打「日本国内线航段0元！日本线转机停点费0元！」优惠，2022年11月1日至2022年11月8日期间，可透过日航官网或各大旅行社购买。
碍于航空燃油附加费高涨，一次来回飞行约在新台币8、9千元左右，日航此次推出「买国际、送国内」优惠，用自身拥有绵密日本航点的优势，弥补高燃油费的劣势，让喜爱深度游日本的玩家，可安排国内城市秘境赏枫、雪场滑雪等主题游程，一次兼玩两城。
日本航空自2018年起，连续荣获评鉴机构SKYTRAX评等为「5星级航空」，并以完善的防疫安全措施，在2022年荣获评鉴机构APEX认证为世界顶级航空，为日本唯一获此殊荣的航司。对赴日旅游有血拚需求的游客，日航国际线经济舱每人可免费托运2件23公斤行李，商务舱可免费托运3件32公斤行李，也是吸引旅客选择日航的亮点。
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