丁昱仁解释，一般刑事告诉会先向地检署提告，经检察官起诉后，才由法院审理，一般而言很少直接向法院提起自诉，因为提起自诉时，需要自己担任公诉检察官的角色，搜集并提供证据交由法官判断，而林智坚的硕士论文已被台大认定抄袭余正煌，也因此余正煌应是认为证据十分充足、明确，不需要再经由检方搜集调查，才直接提起自诉。
不过李茂增认为，余正煌提自诉，应是对检察体系的不信任，毕竟侦查不公开，余正煌应是想透过提自诉让全案公开，让大家去旁听，李茂增也认为，余正煌这么做是正确的选择。
林智坚先前宣布参选桃园市长后，爆出论文门事件，虽他矢口否认抄袭，但台大今年8月公布调查认定，林智坚论文的摘要第一、第三、第四章及结论都有大幅度抄袭，甚至连英文错字都一模一样，不符合学术伦理要求。
且台大在审定过程3度邀请林智坚和指导教授陈明通出席，另邀请余正煌出席2次，林智坚和陈明通却都没现身，只有余正煌出席1次说明，审定委员会最终认定林智坚论文大量抄袭，不符基本学术伦理要求，建议撤销林智坚的学位。
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