事发时，全案原本由国民党团在台北地检署按铃告发，最后北检向高检署声请移转管辖，由负责侦办家暴案的新北地检署处理，而当时林秉枢被告发的事由，包括自称国安高层人员、幕僚，涉孉违反《刑法》僭行公务员职权罪；而他计划性与绿营人士交好，渗透本土阵营，被告发违反《国安法》，意图危害国家安全、社会安定，为中国敌对势力发展组织；又林秉枢无固定工作，却有ATM单据显示他存款高达2300万元，另遭告发涉犯洗钱等罪。
对于这些被告发的事由，林秉枢出庭喊冤：「我没有向他人说我是国安人员或公务员」、「我是本土到不能再本土的人」，他也否认为中国敌对势力发展组织及洗钱，「我银行帐户内的收入是父母给我的，还有股票收入、收租等，百分之百没有人委托我洗钱」。
检察官传唤林秉枢的2名女助理，2人都证称林秉枢并没有对外自称国安单位任何职务，且林秉枢手机中的通讯软体对话记录，也查无他为中国敌对势力发展组织的事证，并看不出有危害国家安全、社会安定的意图。
至于林秉枢的银行帐户存款经查只有100万至300万元，存款2300万元的单据是P图变造，而他涉及伪造文书罪部分已另行起诉，因此就他遭人告发涉嫌僭行公务员职权、洗钱、《国安法》等罪部分不起诉。
检察官在做出不起诉处分后，依职权向高检署提起再议，但高检署认为全案调查完备，已在今年3月间予以驳回确定。
而新北地院查出，他变造存款最高曾改到6236万元，实际上余额只有200万元，依伪造文书罪判他7月、得易科罚金。
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