2021年1月22日，邱淑媞在脸书点出指挥中心「4个要命的逻辑错误」，「1.桃医的医护接触者不应该居家隔离」，应采1人1户的做法，或入住防疫旅馆，否则会危及家人，「2.院内群聚发生，不应只出不进，应该要只进不出、不进不出」，她认为如果真的要准许出院，一样应该比照入境者「采取一人一户的作法，或入住防疫旅馆。」，指出如果有这样做就不会出现新增2例本土案例。
「3.不管检测是否阴性，全部要一人一室隔离治疗，才不会交叉感染」，邱淑媞指出，因为这其中可能有假阴性、潜伏期的患者。「4.太多社区病例趴趴走，应该要立即扩大社区采检，包括桃园和双北」，她指出，现在每增加一例就要增加28天危险期，悲观认为「看来，春节商机，不论是桃园，乃至全台，是要泡汤了。一连串要命的错误，加上迟迟不扩大采检，坐以待毙，造成这种局面。」
当邱淑媞提出批判后，涌入许多网友在底下留言围剿，有人痛批「你如果这么会防疫，2003年怎会做成这样？」、「在妳主导之下和平医院的封院结果，员工57人感染，7人死亡。院内民众97人感染、24人死亡，其中1人自杀。看看这些人！妳怎么还好意思讲这些话？」、「你是最没有资格评论的人！」、「最没有资格说话的人就是妳，妳还自己跳出来被打脸」、「妳是全台湾最没资格指责现任防疫中心的人之一」，还有人指她是杀人帮凶。
邱淑媞认为名誉受辱，对一大票留言网友提出告诉，警方受理后找到28名真实身分的网友，其中还包括主播陈乃瑜、插画家谢立圣、牙医史书华等人，并将这28人函送北检侦办。
不过台北地检署调查后认为，当年SARS封院是一个与国人健康有重大影响的医疗政策，为可受公评之事，而网友基于这个事实进行评论，对公众议题表达自己的看法，或许用字遣词尖酸刻薄，引起告诉人不悦，但并非以诽谤为唯一目的，因此认为罪嫌不足，全都处分不起诉。
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