现年77岁的郑明析当年涉嫌性侵女信徒，不只韩国，他前往宣教的日本、台湾、香港、中国都传出案例，他为此逃亡海外而遭通缉，2007年在北京落网，2008年移送韩国受审被判入狱。郑明析在2018年刑满戴著电子脚镣出狱，随后出现数名女子控告遭郑明析性侵，他在2022年10月再度被捕，案件正在审理中。
《壹周刊》2001年曾以「邪教主诱奸台大政大百位女生」为题，报导韩国摄理教主郑明析来台将狼爪深入全台各大校园，包括台大、政大在内的近百名女学生被挑选共浴、发生性关系，还以为是受到主的恩宠。台湾摄理教(台湾基督教福音宣教会)认为报导指他们是帮助性侵、诱奸女教友的邪教、犯罪团体，还侵害郑明析的名誉权，2016年并对周刊提告要求登报道歉，但被法院判败诉。
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针对《以神之名：信仰的背叛》引发国人高度讨论，台湾基督教福音宣教会在官网贴出声明，「针对近日网飞Netflix播出新兴宗教影集中，以基督教福音宣教会为主题拍摄播出之偏颇内容，本会深表遗憾。」
声明中并强调，「本会创始人郑明析牧师多年来唯有宣扬主耶稣基督之爱与和平福音，带领全世界生命度过健全之信仰生活；然而一直以来都有反对团体刻意抹黑造谣，手法如出一辙。」认为该案在韩国法院仍在审理调查中，这时媒体播出拍摄之影片，「实非采行合理、客观与公正之方法，如今再以偏颇影片上架串流平台，本会将不予以一一回应，并对媒体及网路上之一切恶意评论保留法律追诉权。」
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