1938年高雄中学教师土屋恭一发现柴山小溪贝冢遗址，距今约 1500年至400年前，高市文化局委托专家学者对内惟（小溪贝冢）遗址进行研究调查，确定具有保存及指定价值，2012年2月3日正式公告为市定遗址。这也是继左营旧城遗址、东沙遗址、万山岩雕群遗址、凤鼻头（中坑门）遗址后，高雄市第五处市定遗址。
小溪贝冢遗址出土遗物中，除了各种贝类，还可见红褐色夹砂陶、黑色陶环、石器等，及生态遗物如水鹿、猪、家犬类骨质，另还发现澎湖橄榄玄武岩制石斧，证明早期台湾与澎湖群岛的往来互动关系。中研院研究员刘益昌则确认小溪贝冢遗址除了具有史前贝冢遗迹遗址，且是历史纪录中描述平埔族马卡道族打狗社原住民的生活空间，具有生态及文化保存价值。
另外，清康熙年间凤山县庠生(生员) 卓梦采，写下「凤岫春水」、「泮水荷香」、「龙目井泉」、「半屏列嶂」等诗作，为描述左营、鼓山佳作，儿子卓肇昌是乾隆15年(西元1750年)举人，诗作「鼓山八咏」、「龟山八景」也是在地书写知名诗句。卓梦采卒于乾隆23年(西元1758年)，墓座位于柴山，为清朝汉人墓葬式样，形制完整，现况尚佳，墓前有象征功名地位的旗杆座，因此2006年12月5日高雄市政府宣告为市定古迹。
文史作家麦汉鸣在1999年9月在《高市文献》发表〈寿山的百年古墓〉中，纪录11座清朝中后期百年古墓，年代距今144至244年前，9座是华人坟，2座是洋人坟。其中年代最久的是「王孺人墓」，位于柴山军事管制区，碑文年代是写乾隆岁次丙申年，即清高宗乾隆41年，西元1776年，据麦访问当地王姓耆老，此墓并非柴山早期住民，应该是外地人氏选择此处安葬，因此处背山面海，局势广阔，气宇非凡，风水极佳，可庇荫子孙。
另外，还有皇清岁进士谥敬肃吴府君墓，「岁进士」其实不是真的进士，而是岁贡生的别称，敬肃不是本名，而是「谥号」，麦汉鸣查阅《凤山县采访册》，乾隆、嘉庆年代考上岁贡生的名单中，祖籍福建的吴姓岁贡生有吴际元（乾隆8年）、吴志泽（嘉庆12年），依年份推测应为吴志泽。
《壹苹新闻网》近日在北柴山步道上，则发现康熙庚子年(康熙59年，西元1720年)的古墓，堂号「莆邑」，碑文「显考祖琴张公」(张琴)，将古墓年代整整推前了56年，柴山移民历史证据从乾隆年代上推到康熙年代，康熙之后，还有嘉庆(嘉庆癸酉年，西元1816年)、道光(道光丁亥年，1827年，堂号「银同」、道光壬寅，西元1842年，堂号「云霄」、道光戊申，1848年，堂号「漳南」)、咸丰(咸丰乙卯年，西元1855年、咸丰戊午年，1858年)、光绪(光绪丁丑年，西元1877 年，堂号「海丰」)年间古墓。
《壹苹》并发现，在这些清代古墓周边一定有人工排列的「堆石结构」作为地基，就地取材使用柴山的咾咕石（石灰岩），大多没有敲平修整就堆砌，并不像日式工法结构，只是要形成小平台以作为墓埕，并防止土石流动，纪录呈现清朝汉人造墓工法。台湾习俗先人迁葬多会将墓碑破坏，但这些古墓墓碑完整，均未有迁葬痕迹，且杂草丛生，显然没有后代扫墓祭祀。
另外，日治时期古墓也有参杂其中，一座在栈道0.7K处的昭和丙子年(西元1936年)古墓，至今仍有子孙在清明节扫墓。民国之后，则有二座堂号为「内惟」的坟墓。所有古墓最高分布在海拔160公尺步道小径，年代是昭和三年(西元1928年)。
最早研究柴山古墓的文史作家麦汉鸣说，柴山古墓大多无文资认定，官方也无资料，很多在军方管制区内，无法进入，但像是「岁进士」较特别，建议文化局进行系统性调查，比照外国人公墓专书，出版专书。1726年的古墓应该是最早的古墓，但其实他曾在柴山西麓见过才50公分高，5-6公分厚的小型墓碑，是明朝永历间麦姓先人，但民国70、80年就找不到了，可能是开辟产业道路而挖除，非常可惜。
高雄文史作家廖德宗说，不仅柴山上有堂号「内惟」的墓碑，他在大寮也见过堂号「大寮」的墓碑，左营也有，这些大多出现在日治末期、二战结束之后，堂号直接用聚落地名，是因为根本没有族谱、堂号，就直接写在地。古墓见证开发史、墓葬形式，非常值得进一步调查研究。
另外值得一提，与柴山同属国家自然公园内的龟山，因具有神格风水，一般人不敢来乱葬，目前只发现三座墓，一个是清代天明法师，一位是有当官的地主蓝家的老夫人(清道光戊申，西元1848年)，一个则是无字的墓碑。
文史作家陈坤毅说，柴山周边是高雄最早有平埔族人活动踪迹区域，之后汉人跨海到此拓垦，带来不同的墓葬文化，在山上建有不少先人的安息之地，康熙年间茔冢是汉人移民开始定居内惟一带的见证之一。然而柴山北侧多数区域后来被划入军事管制区，有些茔冢因缺乏维护，逐渐倾圮，而幸运者则有像被指为市定古迹的卓梦采墓。
陈说，目前山上还存在一门嘉庆年间的吴府君墓，墓碑上镌刻「皇清岁进士谥敬肃吴府君墓」，从其郡号南靖推测，应是在乾隆年间的拔贡吴超宗，推测是柴山上人物茔冢中地位最高者，整体形制规模应不小，不过多数构造被掩盖在表土之下，期待未来若有机会成为法定文化资产，能够好好整理重现。
国家自然公园管理处表示，寿山为高雄地区发展甚早的区域之一，迄今仍保有许多历史人文遗迹。寿山国家自然公园园区内寿山、大(小)龟山及半屏山上尚有数座先民所兴筑的墓葬建筑，是珍贵的历史文化资源。
管理处为调查及研究园区内墓葬建筑，今年起委托高雄市旧城文化协会执行「寿山国家自然公园墓葬建筑文化资源调查计划」，以充分了解园区内墓葬建筑的文化资源数量与历史脉络，西元1776年所建之王孺人墓也是调查对象，预计于112年底结案，届时应有丰硕之研究成果资料。
旧城文化协会理事长郭吉清说，国家自然公园范围内，包括柴山、龟山都有古墓。日治时期柴山只剩一个聚落山顶庄，就是现在桃源里，内惟这一侧居民都是住在山下，所以会葬在山上，也有些葬在山上是考量风水，可以看见老家的方向，有看顾后人的意味。
郭透露，战后军方在龟山顶上扩建原来是17世纪清代营房的哨所曾发现一块墓碑，是曹洞宗42代天明禅师，大约在道光、咸丰年间。天明禅师是福建福州涌泉寺住持，应邀来台弘法，涌泉寺寺记载，天明来台半年即无讯息，又派四十三代法师来台，没想到原来天明禅师在此圆寂，而此处附近还有临济宗的兴隆寺(观音亭)旧址，墓碑见证佛教宗教传播、族群迁徙历史。
至于柴山、龟山也都有以咾咕石堆成墓埕，有墓碑但却无碑文，是否是当年未大迁移、留在内惟一带的平埔族？南部平埔族原本是室内葬，是否因汉化而仿汉人造墓？ 非常值得探究。
高雄市文化局表示，文资需经审认后才能登录，年代不是唯一考量，以历史建筑为例，有下列三基准：一、表现地域风貌或民间艺术特色者。二、具建筑史或技术史之价值者。三、具地区性建造物类型之特色者。以目前高雄登录墓冢为例，目前有卓梦采墓、后劲林建中墓、叶宗礼墓、陈中和墓、甲仙镇海军墓、明宁靖王墓六处。如果只有一块墓碑，即使年代有300年，如果缺乏在地连结、无故事可说，就恐怕无法登录文资。
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