2020年8月28日馆长遭枪击，右侧股骨开放性骨折、右上臂、右大腿、右小腿、左踝等处也受伤，大量出血险死，所幸送医捡回一命，事后枪手刘丞浩主动投案，检警也查出全案为宝和会密谋策画，陈之汉则委任黄国昌担任律师，全案审理时，黄国昌在法庭爆料，宝和会前会长邵柏杰透过陈明文办公室，向监狱办理特见，让会中成员探视宝和会的枪手黄启文、陶彦诚，引发哗然。
对此，陈明文秀出法务部矫正署函文自清，更在脸书发文公开与馆长合照，强调「有误解就当面沟通，大家目标都是一致，共同打击组织犯罪。」
但贴文遭黄国昌截图转发批评，「陈明文要消费这张照片，我只有两个简单的问题，请问陈明文，帮忙宝和会办的『选民服务』，那位选民是哪位大哥？请问陈明文与宝和会老大邵柏杰又是什么关系？为何先是邵柏杰的兄弟钟文智打电话给北监典狱长谢琨琦，帮宝和会枪手办特见，等谢琨琦退休后，改由陈明文帮宝和会枪手办增见？」
2021年11月，黄国昌又爆料，「一个受雇杀人、猖狂残暴的犯罪组织，黑帮老大可以在小弟开完枪、扛责入监后，找立法委员、找金融重犯帮忙请托办理特见、增见，好安排处理用安家费封口的事宜，然后法务部的典狱长也乖乖配合！对，我在说的暴力组织就是宝和会、就是立委陈明文、就是金主钟文智、就是典狱长谢琨琦！」
陈明文不满名誉受损，怒告黄国昌，台北地检署调查后发现，陈明文办公室确实有多次帮忙枪手办理增见，纵使陈明文称是有民众来请求才协助，属于选民服务，至于监所会不会通过，不一定有把握，但检察官认为，既然有会客资料就能证明黄国昌所说无误，陈明文为什么要帮忙那么多次，是可受公评之事，将黄国昌不起诉。
不过，馆长枪击案并未落幕，今年8月间，馆长开直播时，有网友留言「阿馆是不是因为民进党没帮你处理枪击案，想报仇？」他回应「不是民进党不帮我处理枪击案，是自从我的枪击案发现是民进党叫人来的，这样你懂吗？」等语，并点名余天、陈明文等绿委涉入其中，对此，民进党发言人张志豪批馆长公然散布不实讯息，严重影响民进党的声誉跟形象，已交由大选律师团研议，不排除采取法律行动。
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