黄良雄在台大土木系研究所任教近30年，也曾担任台大水工试验所主任，但他在退休前，被检举2009年到2019年担任台大教授期间，用助理及人头诈领国科会等相关研究计划补助。
2009年8月至2019年3月间，台大受经济部水利署、行政院国科会、内政部营建署等单位委托，办理「因应气候变迁区域淹水模拟与灾害管理规划技术研究」、「温泉开发及使用评估技术检讨」、「极端降雨下都市淹水模拟计划」等研究，而这些计划研究都是由黄良雄负责。
检方查出，黄良雄为了核销研究经费，指示张姓博士生向其他学生、研究助理索取他们亲友的帐户，当人头挂名担任临时工或研究助理，并制造不实出勤签到表，诈领研究经费，此外，黄良雄还找岩层公司邱姓负责人提供不实发票、估价单，让他申请业务计划费，总计诈得381万8700元，台北地检署今依涉犯诈欺、伪造文书等罪将他起诉。
至于张姓博士生、邱姓业者，以及其他涉案等11人，因认罪获缓起诉。
黄良雄去年底遭检调搜索约谈时，当时拄著拐杖走进台北地检署，被媒体问到「有没有A钱？」他称「是我学生爆的」，指学生因毕业不顺利，才挟怨报复检举他，但今遭检察官打脸。
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