海巡人员当时将陈伟斌与9名船员连人带船押返高雄兴达港，陈男向警方供称：「我知道抽砂是非法行为，大陆也禁止抽砂。」但辩称：「还在开船，就碰到执法船了。」、「因船舱里面还有海砂，遇到执法船，我怕被误会，说不清楚，所以就丢掉。」
检方起诉后，陈男向法官认罪说：「我愿意依起诉事实认罪协商，希望早日让我回家。」但后来翻供只承认「卸砂」，否认「抽砂」，辩称被查获的海砂，是从漳州地区出港时就已存放在船舱内，目的是「压舱」保持船体平衡，并非在中华民国专属经济海域内抽取的海砂，是海巡人员误会了。
由于查获的300公吨海砂已回填原本海域，回复生态，法官登船履勘并采集船上各处残留微量海砂，送请台湾大学海洋研究所分析砂源，认定确为澎湖「台湾浅滩」海域的海砂，且认罪协商的船员也供称，船上本来就有压水舱，借由抽取或排出海水，保持航行中船体平衡。
法官认为华益九号无须耗费金钱物力堆放海砂压舱，而且更加耗油，现代船舶为了维持船舶稳定度，降低船舶在水面上高度，避免海象不佳时翻覆，常会汲取海水到船舱内，增加船舶重量压舱，当船舶载重或入港时，再排出压舱水，若使用海砂压舱，因海砂具有「不易扶正性」，容易产生「自由液面效益」，导致船身因海象发生倾斜时，压舱海砂因重力而滑向倾斜的一侧，于船身回正时，压舱海砂不像压舱海水那样易于回正，海砂可能续留在倾斜的一侧，导致违反船体重心原理而造成船舶翻覆。
依据相关事证，最高法院维持历审见解，将船长陈男判刑1年10月定谳。至于这艘总长度126公尺的华益九号，一审判决应没收，但二审认为陈男是「租船」当船长，船主不是他，改判无须没收，此争议引发立法院去年12月三读通过《土石采取法》、《中华民国专属经济海域及大陆礁层法》修法，违法抽砂的抽砂船，无论是否为行为人所有，都可以没收。因此最高法院针对应否没收部分，发回高雄高分院从重新审理。
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